审计处是学校贯彻执行法律法规、负责内部审计及采购招标监督工作的职能部门。1991年，学校正式成立审计处。2000年，学校进行校内管理体制改革，纪委、监察处与审计处合署办公。2018年，审计处从学校纪委监察合署办公中独立，并更名为审计与法务处。同年，下设财务审计科。2021年，审计与法务处增设工程审计科与招标管理与法务办公室。2024年，审计与法务处更名为审计处，招标管理与法务办公室更名为综合办公室。截止2024年，审计处内设3个科室，共9名工作人员。

2014年，出台《南京医科大学内部管理领导干部经济责任审计暂行办法》。

2015年，经济责任审计项目被评为全省教育系统年度内部审计优秀项目。

2018年，审计职能从纪委监察审计部门中剥离出来，单独设审计与法务处；出台《南京医科大学采购招标管理办法（试行）》《南京医科大学经济合同管理办法（试行）》；开发运行采购招标管理信息系统，建设专家库管理系统；法律事务由审计与法务处扎口管理。

2019年，成为江苏省内部审计协会常务理事单位；发布《南京医科大学建设工程项目管理审计实施办法》；正式运行合同管理平台。

2020年，实行“未巡先审、巡审联动”，并在全省作经验推广。

2021年，成立审计委员会；增设工程审计科和采购管理与法务办公室；出台《南京医科大学内部审计工作规定》。

2022年，试行“苏锡常泰”四地招标和合同一体化管理；建成省内首创手机移动端采购招标及合同审核平台；出台《南京医科大学内部管理领导干部经济责任审计办法》。

2023年，首次开展附属医院专项审计工作，出版学术专著《公立医院审计理论与实务——江苏的实践与经验》。